El tren se trasladaba de norte a sur desde Concepción hacia Coronel. Fue a la altura de San Pedro de la Paz, en el cruce Boca Sur, cuando el microbús con 14 pasajeros pasó la línea férrea y provocó el fatídico accidente. Las barreras se encontraban abajo, así lo indicó EFE, situación que fue confirmada por la cámara de seguridad del microbús, la cual evidencia que los vehículos estaban detenidos en el sentido contrario. Tras la colisión, el tren arrastró al microbús por cerca de 100 metros y dejó a 7 personas fallecidas, de las cuales, 4 se desempeñaban como profesores.